I tillegg blir det ulovlig å undervise i menneskerettigheter og seksuell trakassering, melder BBC.
Om lag 140 bøker skrevet av kvinner – inkludert titler som «Sikkerhet i kjemilaboratoriet» – er blant 680 bøker som er funnet å være «bekymringsfulle».
Universitetene har også fått beskjed om at de ikke lenger har lov til å undervise i 18 fag. En taliban-tjenestemann sa at disse fagene var «i strid med prinsippene i sharia og systemets politikk».
Seks av de 18 fagene som nå er bannlyst, handler spesielt om kvinner, som «Kjønn og utvikling», «Kvinners rolle i kommunikasjon» og «Sosiologi om kvinner».
En komité bestående av «religiøse lærde og eksperter» har stått bak beslutningene, ifølge Taliban-regimets departement for høyere utdanning.
Dekretet er det siste i en rekke restriksjoner som Taliban har innført siden de vendte tilbake til makten for fire år siden.
Tidligere denne uken ble fiberoptisk internett forbudt i minst ti provinser på ordre fra Talibans øverste leder, i et grep som ifølge tjenestemenn skulle forhindre umoral.
Taliban-regjeringen har sagt at den respekterer kvinners rettigheter i samsvar med deres tolkning av afghansk kultur og islamsk lov.
De nye retningslinjene, som BBC Afghan har fått innsyn i, ble utstedt i slutten av august.
Ziaur Rahman Aryubi, nestleder for akademiske saker i Talibans departement for høyere utdanning, sa i et brev til universitetene at avgjørelsene var tatt av et panel av «religiøse lærde og eksperter».
I tillegg til bøker skrevet av kvinner ser forbudet ut til å ha rettet seg mot bøker av iranske forfattere eller utgitt i Iran. Et medlem av bokgjennomgangspanelet sa til BBC at hensikten var å «forhindre infiltrasjon av iransk innhold» i det afghanske pensumet.
I den 50 sider lange listen som ble sendt til alle universiteter i Afghanistan, står 679 titler oppført, hvorav 310 enten er skrevet av iranske forfattere eller utgitt i Iran.
