Gay, som er den andre kvinnen og første svarte person som leder Harvard, har blitt beskyldt for å ha plagiert flere av tingene hun har skrevet.
Ferske anklager dukket opp så sent som mandag, bare timer før det ble kjent at hun hadde planer om å trekke seg.
Gay var universitetets rektor i seks måneder og to dager. Hennes rektorperiode er den korteste i skolens historie, ifølge studentavisa Harvard Crimson.
Nylig var rektoren involvert i en politisk kontrovers da hun deltok i en høring i Kongressen. Der reagerte flere på at Gay ikke ville svare klart og entydig på om oppfordringer til folkemord på jøder var i strid med universitetets regler.
Etter høringen startet konservative aktivister en saumfaring av rektorens akademiske karriere. De gravde fram flere tilfeller av påstått plagiat i Gays doktorgradsavhandling fra 1997.
Styret ved Harvard stilte seg først bak Gay og sa at en gjennomgang hadde avdekket «noen få tilfeller av utilstrekkelig referanse ved sitering», men ingen beviser for uhederlig forskningsarbeid. Noen dager senere sa styret at de hadde funnet ytterligere to tilfeller av «språklig kopiering uten passende referanser». De sa at Gay skulle oppdatere avhandlingen og be om korrigeringer.
Styret sier de har tatt imot Gays avskjed «med stor tristhet», og det takker henne for innsatsen hun har gjort for det prestisjetunge universitetet like utenfor Boston.
Christopher Rufo, en aktivist som har samlet støtte i Det republikanske partiet for å angripe høyere utdannelse, sier han er «glad hun er ute».
– I stedet for å ta ansvar for å minimere antisemittisme, for serieplagiat og truende atferd mot den frie pressen og for å ha skadet institusjonen, kaller hun kritikerne sine rasister, skriver Rufo på X/Twitter.
– Dette er giften som kommer av mangfold og inkluderende ideologi, sier Rufo.
Også Israels utenriksminister Israel Katz har kommentert Gays avgang på X.
– Litt kontekst. Sviktende lederskap og fornekting av antisemittisme har sin pris. Jeg håper velrenommerte Harvard vil lære av denne triste atferden, sier han.
Gay er den andre universitetsrektoren som var med på høringen og som har måttet slutte den siste måneden. 9. desember gikk Liz Magill av som øverste sjef ved University of Pennsylvania. Også MITs rektor Sally Kornbluth havnet i hardt vær etter høringen.
